降溫程序是決定冷凍效果的另一個關鍵因素。細胞內部易形成冰晶對細胞造成損傷；若降溫速度過慢，會因細胞外部介質的水分結冰而導致細胞過度脫水死亡。因為-60~0℃的低溫對細胞的損傷最大，因此要選擇合適的降溫程序，讓細胞在能夠適應溫度驟變的前提下，迅速安全地通過這個溫度危險區，提高冷凍效果。根據研究的數據和相關報道，在精超低溫冷凍前先于4℃平衡15~25min，再于距離液氮面15cm處停留5min，在距離液氮面5cm處停留10min，可使櫛江珧、近江牡蠣、馬氏珠母貝等精冷凍效果達到最好。樣品體積對冷凍效果也有影響。樣品體積的不同可能影響了熱的交換，體積小的樣品降溫快，體積大的樣品降溫慢，這間接造成了降溫條件的差異，導致精活率不一樣。關于雙殼類最適冷凍體積的探討，朱豪磊認為香港牡蠣在冷凍體積為0.75mL時復蘇效率最高；李純認為紫貽貝、櫛孔扇貝和菲律賓蛤仔的最適精冷凍體積分別為0.4、1和1mL。有研究的數據顯示，櫛江珧和近江牡蠣精在冷凍體積為1.0~1.4mL的范圍內保存效率最高。分析以上研究結果不同的原因，一方面是物種間的差異，更重要的是降溫程序存在差異。柯亞夫等認為，不同體積的樣品保存時要對應不同的降溫方法，以達到最適保存效果。1.0~1.4mL的樣品體積最適合櫛江珧和近江牡蠣的研究結果，雙殼類精的超低溫冷凍保存起始于20世紀70年代。
氣相液氮罐 
